蛋白检索数据库相关推荐

日期：2023-12-22 08:50:00

①UniProt：Universal Protein 的英文缩写，UniProt是一个综合性的、信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。提供了大量蛋白质的序列、结构、功能、互作关系和注释信息。它整合了多个来源的数据，包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR数据库。他的数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息。
UniProt: https://www.uniprot.org/

  ②proteinatlas：由十个独立的部分组成，每个部分侧重于人类蛋白质全基因组分析的一个特定方面。内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，有大量免疫组化图片对比，并提供免费查询。
  proteinatlas：https://www.proteinatlas.org/

  ③NCBI Protein：NCBI Protein是美国国家生物技术信息中心（NCBI）提供的蛋白质数据库，包含了大量的蛋白质序列数据，可以进行蛋白质的基本信息查询和比对分析。
  NCBI Protein: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/

  ④phosphosite：。PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并包括一些公司发现但未发表的蛋白修饰位点。该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的，有助于研究PTMs在细胞/组织中的作用，以及发现新的疾病标志物和药物靶点，同时可以与NCBI/SwissProt/PDB交叉应用。
  phosphosite：https://www.phosphosite.org/homeAction.action

  ⑤InterPro：InterPro是一个蛋白质家族和结构域注释数据库，整合了多个注释资源的信息。它提供了蛋白质序列的功能和结构域注释，帮助研究人员理解蛋白质的功能和结构。
  InterPro: https://www.ebi.ac.uk/interpro/

  ⑥BioXFinder：BioXFinder是国内第一个也是唯一一个生物数据库：收录50多万条高质量的、整合多个来源数据，手工注释的非冗余的蛋白质信息，包含蛋白质的基本信息、序列、序列特征、功能、名称和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、相互作用等信息。
  BioXFinder：https://bio.bcpmdata.com/

  ⑦KEGG：KEGG是一个生物信息学资源，包括了基因组、基因、蛋白质、代谢通路和疾病等信息。它提供了蛋白质序列、功能注释、代谢通路和信号通路的信息，用于研究生物系统和药物开发。
  KEGG: https://www.genome.jp/kegg/

  ⑧Kazusa：这是日本一个专门的密码子数据库，在里面先输入你要表达的动物的名称，就可以得到关于这个哺乳动物表达系统的密码子偏爱性表，然后把氨基酸序列翻译成相应的偏爱密码子就可以了！
  Kazusa：http://www.kazusa.or.jp/codon/

  ⑨CDD(Conserved Domain Database)：CDD是蛋白质保守结构域数据库，收集了大量保守结构域序列信息和蛋白质序列信息。一个蛋白质的保守结构域在一定程度上体现了该蛋白质的功能，检索时通过CD-Search服务，可获得蛋白质序列中所含的保守结构域信息，从而分析、预测该蛋白质的功能。
  CDD：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml